MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis A/5291 complete genome

Total Repeats: 23054

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020939	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478448617
2	NC_020939	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478448617
3	NC_020939	GAA	2	6	87	92	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448617
4	NC_020939	GTTC	2	8	109	116	0 %	50 %	25 %	25 %	478448617
5	NC_020939	GTA	2	6	131	136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448617
6	NC_020939	AGT	2	6	162	167	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448617
7	NC_020939	GA	3	6	206	211	50 %	0 %	50 %	0 %	478448617
8	NC_020939	GCGT	2	8	294	301	0 %	25 %	50 %	25 %	478448617
9	NC_020939	AAG	2	6	318	323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448617
10	NC_020939	CAA	2	6	332	337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478448617
11	NC_020939	AGT	2	6	358	363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448617
12	NC_020939	GTG	2	6	374	379	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478448617
13	NC_020939	CAG	2	6	410	415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448617
14	NC_020939	AGTG	2	8	541	548	25 %	25 %	50 %	0 %	478448617
15	NC_020939	TGGC	2	8	575	582	0 %	25 %	50 %	25 %	478448617
16	NC_020939	GCC	2	6	598	603	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478448617
17	NC_020939	TGC	2	6	657	662	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478448617
18	NC_020939	ATT	2	6	669	674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478448617
19	NC_020939	CGA	2	6	691	696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448617
20	NC_020939	TC	3	6	819	824	0 %	50 %	0 %	50 %	478448617
21	NC_020939	TAT	2	6	833	838	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478448617
22	NC_020939	AG	3	6	841	846	50 %	0 %	50 %	0 %	478448617
23	NC_020939	GAA	2	6	880	885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448617
24	NC_020939	AGA	2	6	909	914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448617
25	NC_020939	AGA	2	6	963	968	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448617
26	NC_020939	CAA	2	6	1036	1041	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478448617
27	NC_020939	AATG	2	8	1060	1067	50 %	25 %	25 %	0 %	478448617
28	NC_020939	TTG	2	6	1179	1184	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478448617
29	NC_020939	CTC	2	6	1208	1213	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478448617
30	NC_020939	GAT	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448617
31	NC_020939	GAT	2	6	1324	1329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448617
32	NC_020939	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	478448617
33	NC_020939	ATG	2	6	1387	1392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448617
34	NC_020939	CTAT	2	8	1394	1401	25 %	50 %	0 %	25 %	478448617
35	NC_020939	CCT	2	6	1546	1551	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478448617
36	NC_020939	CTT	2	6	1607	1612	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478448617
37	NC_020939	CAG	2	6	1672	1677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448617
38	NC_020939	TGA	2	6	1733	1738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448617
39	NC_020939	A	6	6	1797	1802	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020939	AAG	2	6	1814	1819	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020939	TGG	2	6	1830	1835	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020939	CTT	2	6	1837	1842	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_020939	T	7	7	1841	1847	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020939	A	6	6	1852	1857	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020939	AAGG	2	8	1903	1910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020939	ATG	2	6	1930	1935	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448618
47	NC_020939	GTG	2	6	1936	1941	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478448618
48	NC_020939	TCC	2	6	1945	1950	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478448618
49	NC_020939	AGC	2	6	1959	1964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448618
50	NC_020939	T	6	6	1978	1983	0 %	100 %	0 %	0 %	478448618
51	NC_020939	AGC	2	6	1986	1991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448618
52	NC_020939	AAG	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448618
53	NC_020939	TAC	2	6	2035	2040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478448618
54	NC_020939	GCT	2	6	2045	2050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478448618
55	NC_020939	AGTA	2	8	2083	2090	50 %	25 %	25 %	0 %	478448618
56	NC_020939	AAC	2	6	2143	2148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478448618
57	NC_020939	AGA	2	6	2155	2160	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448618
58	NC_020939	T	6	6	2233	2238	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020939	TAA	2	6	2245	2250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020939	T	7	7	2255	2261	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020939	TC	3	6	2264	2269	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_020939	A	6	6	2327	2332	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020939	AGA	2	6	2411	2416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448619
64	NC_020939	ATC	2	6	2418	2423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478448619
65	NC_020939	TGC	2	6	2438	2443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478448619
66	NC_020939	ATGA	2	8	2487	2494	50 %	25 %	25 %	0 %	478448619
67	NC_020939	GATA	2	8	2525	2532	50 %	25 %	25 %	0 %	478448619
68	NC_020939	CAT	2	6	2562	2567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478448619
69	NC_020939	AGA	2	6	2591	2596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448619
70	NC_020939	AAG	2	6	2620	2625	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448619
71	NC_020939	GGA	2	6	2655	2660	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478448619
72	NC_020939	AG	3	6	2747	2752	50 %	0 %	50 %	0 %	478448620
73	NC_020939	ATC	2	6	2784	2789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478448620
74	NC_020939	TTTC	2	8	2822	2829	0 %	75 %	0 %	25 %	478448620
75	NC_020939	ATA	2	6	2934	2939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478448620
76	NC_020939	AAC	2	6	2959	2964	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478448620
77	NC_020939	GGT	2	6	3013	3018	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478448620
78	NC_020939	AAT	2	6	3119	3124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478448620
79	NC_020939	TTC	2	6	3154	3159	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478448620
80	NC_020939	GCA	2	6	3173	3178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448620
81	NC_020939	GGA	2	6	3221	3226	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478448620
82	NC_020939	CAG	2	6	3240	3245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448620
83	NC_020939	GTT	2	6	3257	3262	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478448620
84	NC_020939	GGT	2	6	3349	3354	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478448620
85	NC_020939	GA	3	6	3415	3420	50 %	0 %	50 %	0 %	478448620
86	NC_020939	T	6	6	3422	3427	0 %	100 %	0 %	0 %	478448620
87	NC_020939	AAG	2	6	3507	3512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448620
88	NC_020939	ATT	2	6	3569	3574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478448620
89	NC_020939	TTG	2	6	3621	3626	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478448620
90	NC_020939	CATG	2	8	3703	3710	25 %	25 %	25 %	25 %	478448620
91	NC_020939	AAG	2	6	3732	3737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448620
92	NC_020939	AAG	2	6	3747	3752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448620
93	NC_020939	CAG	2	6	3789	3794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448620
94	NC_020939	GCT	2	6	3860	3865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478448620
95	NC_020939	TGTGA	2	10	3875	3884	20 %	40 %	40 %	0 %	478448620
96	NC_020939	TTCC	2	8	4008	4015	0 %	50 %	0 %	50 %	478448620
97	NC_020939	AAG	2	6	4026	4031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448620
98	NC_020939	CAG	2	6	4076	4081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448620
99	NC_020939	GGA	2	6	4163	4168	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478448620
100	NC_020939	AAT	2	6	4173	4178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478448620
101	NC_020939	TTGAA	2	10	4231	4240	40 %	40 %	20 %	0 %	478448621
102	NC_020939	ATT	2	6	4253	4258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478448621
103	NC_020939	TGA	2	6	4283	4288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448621
104	NC_020939	TTTA	2	8	4406	4413	25 %	75 %	0 %	0 %	478448621
105	NC_020939	GTA	2	6	4515	4520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448621
106	NC_020939	GAGAA	2	10	4525	4534	60 %	0 %	40 %	0 %	478448621
107	NC_020939	AGA	2	6	4562	4567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448621
108	NC_020939	ATCC	2	8	4706	4713	25 %	25 %	0 %	50 %	478448621
109	NC_020939	GAA	2	6	4746	4751	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448621
110	NC_020939	CGT	2	6	4878	4883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478448621
111	NC_020939	A	7	7	4922	4928	100 %	0 %	0 %	0 %	478448621
112	NC_020939	GTT	2	6	4929	4934	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478448621
113	NC_020939	GAAAA	2	10	4962	4971	80 %	0 %	20 %	0 %	478448621
114	NC_020939	A	7	7	4968	4974	100 %	0 %	0 %	0 %	478448621
115	NC_020939	TGA	2	6	5066	5071	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448621
116	NC_020939	TTACA	2	10	5117	5126	40 %	40 %	0 %	20 %	478448621
117	NC_020939	TTG	2	6	5161	5166	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478448621
118	NC_020939	TTC	2	6	5302	5307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478448621
119	NC_020939	TCT	2	6	5394	5399	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478448621
120	NC_020939	AGA	2	6	5414	5419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448621
121	NC_020939	GTT	2	6	5441	5446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478448621
122	NC_020939	GACG	2	8	5453	5460	25 %	0 %	50 %	25 %	478448621
123	NC_020939	GGT	2	6	5489	5494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478448621
124	NC_020939	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448621
125	NC_020939	TTGG	2	8	5556	5563	0 %	50 %	50 %	0 %	478448621
126	NC_020939	CTC	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478448621
127	NC_020939	AGC	2	6	5624	5629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448621
128	NC_020939	GCA	2	6	5649	5654	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_020939	A	6	6	5660	5665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020939	AGA	2	6	5676	5681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020939	ATT	2	6	5743	5748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478448622
132	NC_020939	TCT	2	6	5761	5766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478448622
133	NC_020939	GCT	2	6	5807	5812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478448622
134	NC_020939	GTCTT	2	10	5813	5822	0 %	60 %	20 %	20 %	478448622
135	NC_020939	GAT	2	6	5842	5847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448622
136	NC_020939	TC	3	6	5858	5863	0 %	50 %	0 %	50 %	478448622
137	NC_020939	GA	3	6	5869	5874	50 %	0 %	50 %	0 %	478448622
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270	NC_020939	TCA	2	6	11872	11877	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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393	NC_020939	T	6	6	17791	17796	0 %	100 %	0 %	0 %	478448632
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397	NC_020939	T	7	7	18011	18017	0 %	100 %	0 %	0 %	478448632
398	NC_020939	AG	3	6	18108	18113	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
399	NC_020939	GA	3	6	18121	18126	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
400	NC_020939	GTT	2	6	18223	18228	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
401	NC_020939	GA	3	6	18365	18370	50 %	0 %	50 %	0 %	478448633
402	NC_020939	TTG	2	6	18401	18406	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478448633
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